根據營運基金的運作模式，土地註冊處自行管理財政，自負盈虧。土地註冊處享有資本投資項目的自主權，能夠靈活運用資源以提高服務質素及運作效率，致力滿足客戶的服務需求。

土地註冊處處長是土地註冊處營運基金的總經理。

營運基金的年報及經審計署署長認證的財務報表，每年均須提交香港立法會省覽。