根据营运基金的运作模式，土地注册处自行管理财政，自负盈亏。土地注册处享有资本投资项目的自主权，能够灵活运用资源以提高服务质素及运作效率，致力满足客户的服务需求。

土地注册处处长是土地注册处营运基金的总经理。

营运基金的年报及经审计署署长认证的财务报表，每年均须提交香港立法会省览。