土地注册处于1993年8月成为香港最先以营运基金形式运作的政府部门之一。营运基金是为鼓励加强服务及回应客户需要而设计的一项公共财政安排。土地注册处处长是土地注册处营运基金的总经理。

在营运基金模式下，土地注册处仍是一个公营机构，但要自行管理财政，收入来自其提供服务所得的费用，以自负盈亏的模式经营。营运基金须向公帑支付红利，但可以保留投资收益，用作改善服务。此外，基金享有自主权，可决定进行支援部门服务的资本投资项目，并可灵活调配员工，以回应客户的服务需求。

营运基金的年报及经审计署署长认证的财务报表，每年均须提交香港特别行政区立法会省览。