土地註冊處於1993年8月成為香港最先以營運基金形式運作的政府部門之一。營運基金是為鼓勵加強服務及回應客戶需要而設計的一項公共財政安排。土地註冊處處長是土地註冊處營運基金的總經理。

在營運基金模式下，土地註冊處仍是一個公營機構，但要自行管理財政，收入來自其提供服務所得的費用，以自負盈虧的模式經營。營運基金須向公帑支付紅利，但可以保留投資收益，用作改善服務。此外，基金享有自主權，可決定進行支援部門服務的資本投資項目，並可靈活調配員工，以回應客戶的服務需求。

營運基金的年報及經審計署署長認證的財務報表，每年均須提交香港特別行政區立法會省覽。