「綜合註冊資訊系統」的保安設計是根據全面的保安風險評估而制定，設計包括系統保安各方面的安全措施—真確性、完整性、保密性及可供使用性。這些措施都是透過採用尖端資訊科技而推行。本處會外聘獨立顧問公司定期為系統進行保安審計。本處的宗旨是確保所有客戶均能：

信賴系統資料的完整性； 信賴系統能妥善操作及所使用的資料；以及 信賴系統可時刻為客戶提供服務。 在二零零二至零三年度，本處與業務伙伴及承辦商保持緊密合作。年內，所有現行系統運作完善，並無出現違反保安的紀錄，或遺失資料的情況。