土地注册处于1993年8月成为香港首个以营运基金形式运作的政府部门之一。营运基金概念是公共财政的创新构思，特为鼓励加强服务及回应客户的需要而设计。土地注册处处长是土地注册处营运基金的总经理。

在营运基金模式下，土地注册处仍是一个公共机构，但要自行管理财政，收入来自其提供服务所得的费用，以自负盈亏的模式经营。营运基金须向公帑支付股息，但可以保留投资的利润，以增加资源，改善服务。此外，基金享有自主权，可决定进行支援部门服务的资本投资项目，并可灵活调配员工，以回应客户的服务需求。自成立以来，土地注册处营运基金已为开发新的资讯科技系统投资5.85亿元。注册费自1996年以来一直维持不变。查册和复印费则在2005年「综合注册资讯系统」启用后大幅下调。

营运基金的年报及经审计署署长认证的财务报表，每年均须提交香港特别行政区立法会省览。