土地註冊處於1993年8月成為香港首個以營運基金形式運作的政府部門之一。營運基金概念是公共財政的創新構思，特為鼓勵加強服務及回應客戶的需要而設計。土地註冊處處長是土地註冊處營運基金的總經理。

在營運基金模式下，土地註冊處仍是一個公共機構，但要自行管理財政，收入來自其提供服務所得的費用，以自負盈虧的模式經營。營運基金須向公帑支付股息，但可以保留投資的利潤，以增加資源，改善服務。此外，基金享有自主權，可決定進行支援部門服務的資本投資項目，並可靈活調配員工，以回應客戶的服務需求。自成立以來，土地註冊處營運基金已為開發新的資訊科技系統投資5.85億元。註冊費自1996年以來一直維持不變。查冊和複印費則在2005年「綜合註冊資訊系統」啟用後大幅下調。

營運基金的年報及經審計署署長認證的財務報表，每年均須提交香港特別行政區立法會省覽。